轩辕剑之天之痕手游之背景介绍，神州大地上，从神话时代流传下来十种上古神器，钟，剑，斧，壶，塔，琴，鼎，印，镜，石，它们各自有著迥然不同的绝世力量。只要稍加利用即可纵横四海，无敌天下。但它们的下落，已湮灭于神州漫长之乱世历史中。除了轩辕剑，还有创世神开天辟地使用的神器炼妖壶，在上古英雄的手中辗转流传，在这些古人的庇佑下，中国到了文化鼎盛的时代隋唐。
公元七世纪，南北朝时期，北朝皇帝隋文帝派兵消灭了南朝陈国后，结束了中原南北朝数百年之分裂局面，重新统一了中国并成立了隋国。然而陈国的遗民悲痛祖国亡灭，在江南集结大军数万兴兵反抗，企图一举复国。隋文帝下令出兵平乱，然而最令人惊讶的是，这支平乱部队为首竟是一位身披神秘斗篷，年近十二岁的少年。他手持一把雕有古朴花纹的金色之剑，此乃十大上古神器之一━━轩辕剑。少年在一击之间，便将反抗朝廷的陈国数万人马化为飞灰!自此，大隋威名让所有反抗者闻之色变，再没有人敢轻起反抗之念。
十六年后，隋炀帝时代，男主角“陈靖仇”奉师父之命，踏上寻找传说中五样中原上古神器之旅。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上(陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思)。
由于十六年前历经那场惊心动魄之噩梦，师父深知自己绝对无法敌过那位手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之五样上古神器:伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。本作故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐页展开。